ggmsaとmsa

アミノ酸配列などのアライメントをきれいに並べたい。既存のGUIでも非常にきれいにできることは理解していますが、何を思ったのか、Rとggplot2でやりたいという気持ちが抑えられず。調べてみると、msaとggmsaというパッケージがよさそうです。

msa

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/msa.html

ggmsa

https://academic.oup.com/bib/article-abstract/23/4/bbac222/6603927

MAFFT で整列させたfasta formatをRでvisualizeする。

https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/

fasta formatをRで読み込むためには、seqinrというライブラリを使ってあげればOK。

（ここで一番スタックしてしまったんですが。。。）

library(seqinr)

library(msa)

library(ggmsa)

AminoAcidseq <- readAAStringSet("mafft_result.fasta", format = "fasta")

ggmsa(AminoAcidseq, start = 1, end = 100, char_width = 0.5, seq_name = T) +

geom_seqlogo() + geom_msaBar()

これでうまく配列情報を整列させて可視化することができました。

より詳細な記述は大元ページで確認していただければと思います。

http://yulab-smu.top/ggmsa/articles/ggmsa.html

参考

https://bioscryptome.t-ohashi.info/r/seqinr/