取得した画像をベースに面積測定や、種子の数の測定など、統計に関わる処理するにはどのようなソフトウェアを利用すべきか？悩んだことがあります。例えば、Adobe Photoshopは、有料ですが比較的直観的な操作が可能なソフトウェアです。また、前処理として利用可能なフリーソフトとしてGIMP (https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/gimp/)があります（写真の画素数を落とさざるを得ないとか、一定面積を抽出するなどに使えます）。
個人的にはImageJ（https://imagej.nih.gov/ij/）やFiji (https://imagej.net/software/fiji/)は、最適なソフトウェアであると思います。使い方には少し慣れが必要ですが、拡張性の高さが魅力です。以下はwikipediaから
ImageJはオープンソースでパブリックドメインの画像処理ソフトウェアである[2][3]。Javaの仮想マシン上で動作し、プラグインやマクロによる拡張性が高い。科学研究における画像解析に広く利用され、生物学ではデファクト・スタンダードの解析ツールとなっている。
デジタルカメラで撮影した写真などの画像処理に用いられる写真編集ソフトウェアでは、誰でも使える直感的な操作性を重視するため、逆に内部の演算がわかりにくくなることがある。これに対してImageJでは、各種画像処理に用いられる数値計算のパラメータが分かりやすいユーザーインターフェイスを備えており、ピクセルの数値を元に再現性の高い計算処理を行うことが可能である。ユーザーによって書かれたプラグイン群は、さまざまな画像処理・解析の課題に対応している（#拡張性の項を参照）。同時にその拡張性の容易さゆえ、画像処理の教育の現場でもポピュラーである[4][5]。また、オープンソースであるため、処理過程をすべて確認することができる。計算過程にブラックボックスがない、という点でも科学研究での使用に適している。ソースコードはGitHubで公開されている[6]。
多くの画像解析に利用されているだけあり、多くの方々の素晴らしいサイトがあります。最近、以前はふつうに動いていたマクロが急にエラーを吐くようになり、原因究明に時間を取りましたが、一部分を書き換えたところ、いつも通りに動きました。というか、updateの問題？バグ？よくわかりません。動いたから良いか（いいのか？）。
下記にお世話になっているサイトをご紹介します。
ImageJ日本語情報
大金先生の丁寧な解説PDF
大阪大学 大学院工学研究科 精密科学・応用物理学専攻 山内研究室
エルピクセルが運営する画像解析に関するサイト
ここからはマクロ関係
このリンクは、ImageJ macroでエラーが吐き出されたときの解決に役立ちました。
Comments