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Hidenori Matsui

Clinker(Softwareなどの忘備録)

更新日:2021年7月16日

BLOGですので、ラボの内容を中心に据えるべきかなと思っていましたが、

忘備録的に役立つsoftwareなどについて発信していきたいと思います。


遺伝子クラスターの比較やインタラクティブな図で視覚化 Clinker


上坂一馬先生のwebpageに詳細は記載(https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2020/11/08/004822)されています。導入方法などはそちらへGO。非常に強力な可視化ツール。私はこれまではgggeneを利用して作図をしていましたが、clinker(https://github.com/gamcil/clinker/releases/tag/v0.0.10)は簡単かつインタラクティブなツールで非常に利用価値が高いと思います。


Windows10でトライしましたが、なぜかうまくいかず…。

Macでトライしたところうまくいきました。


Clinker & clustermap.js: Automatic generation of gene cluster comparison figures

Cameron L M Gilchrist, Yit-Heng Chooi

Bioinformatics, Published: 18 January 2021




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